在科学研究上，古籍研究所已形成严谨、求实的学风，并在几代学人之中不断传递。80年代在老一辈学者于省吾、金景芳、罗继祖、姚孝遂教授的 带领下，古籍研究所出版一大批的学术精品：诸如《甲骨文字释林》、《殷墟甲骨摹释总集》、《小屯南地甲骨考释》、《甲骨文字集释》、《中国奴隶社会史》、 《学易四种》、《庭闻忆略》等。这些学术专著至今在学术界仍有重大的影响。

    90年代，古籍研究所新一代学者开始肩负重担，克服出版的困难，使一批学术精品问世。诸如《战国文字通论》、《珍秦斋藏印》、《先秦军事制 度研究》、《周代采邑制度研究》、《周代祭祀研究》、《光武帝刘秀传》、《菜根谭注释》、《周易全解》等。这些学术专著受到同行很高的赞誉。

    2000年以来，古籍研究所又涌现出一批优秀成果。冯胜君教授《二十世纪古文献研究新证》、《上博简与郭店简比较研究》，吴良宝教授《中国 东周时期金属货币制度研究》，何景成博士《商周青铜器族氏铭文研究》，朱红林教授《〈周礼〉中商业管理制度研究》、《张家山汉简〈二年律令〉集释》、《张 家山汉简〈二年律令〉研究》，沈刚教授《汉代客阶层研究》、《居延汉简语词汇释》，邵正坤博士《北朝家庭形态研究》，张金梁教授《明代书学铨选制度研 究》，张固也教授《〈新唐书·艺文志〉补》、《管子研究》，于海波博士《清代净土宗著述研究》等，其中不少著作深受学术界的关注和好评。

    自古籍研究所建所以来，发表学术论文数百篇，一些学术论文至今为同行誉为学术名文，是后学者必须研习的重点文章，受到国内、国外学者的高度重视。吉林大学古籍研究所在学术上的重大影响，受到同行和兄弟研究所的很高的赞誉。

    2003年以来，古籍研究所教师共发表学术论文330篇；出版学术著作 27部。有 102篇论文发表在CSSCI检索杂志上。获省级论文奖 3篇。并且有一大批论文被各类文摘转引，有的还被重要著作和论文引用。

    2003年以来，古籍研究所先后争取的科研项目共17项，其中国家社科基金重大项目、教育部重大课题攻关项目子课题 1 项； 国家社科基金项目3项；教育部优秀博士论文资助项目 1 项；教育部博士点基金项目 1 项；教育部重大课题攻关项目子课题 1 项；教育部人文社会项目5项，吉林省社科规划项目 3项；高校古委会项目 4项；吉林大学社科研究精品项目 1 项；吉林大学社科项目 10 项。 项目经费总计155.2万。

    其中青年教师获得的项目：国家社科基金项目3项（2008至2010连续3年各获1项）；教育部人文社会科学项目5项（2009年3 项，2010年2项）；教育部优秀博士论文资助项目 1 项；教育部博士点基金项目 1 项；吉林省社科规划项目 3项；高校古委会项目4项；吉林大学社科基金项目10项。 共计125.2万。

    古籍研究所自建所以来，建立了与国内、海外的广泛的学术联系。除了出席国内、国外的学术会议外，与日本东京大学东洋文化研究所、日本新泻大学东洋文化研究所、香港中文大学、台湾历史语言研究所等重要的大学和重要研究机构建立了稳固的学术联系。

    古籍研究所建所二十周年，在资料建设上也取得了重大成绩。到目前为止，拥有中国古代史和历史文献学进行科研和教学的很好的资料室。资料室藏书丰富，特别是专业书籍，在全国古籍研究所中居前列位置。科研教师全部都拥有电脑，基本实现了科研手段的改革。